Команда была образована в 1959 году."Спартак" (1959-1968), "Автомобилист" (1969-1972), "Эльбрус" (1976). С 1977 года - снова "Спартак". В 1959—65 гг. выступала в классе "Б". Лучшим достижением здесь было первое место 1966 года в своей зоне и победа в финальном турнире чемпионата РСФСР. Команда выиграла всё, что смогла, и завоевала путевку в класс "А". К этому успеху спартаковцев привел тренер Д.Г.Чихрадзе. Одиннадцать игроков получили звание "Мастер спорта".

В 1966—70 гг. спартаковцы Нальчика играли во второй группе класса "А". Лучшим достижением здесь было 2-е место в зоне 1970 года и повторное завоевание в том же сезоне звания чемпиона РСФСР. К этому успеху команду привел тренер В.В. Кирш. В 1971, 77—78, 81—89 гг. "Спартак" выступал во второй лиге СССР. Лучшими достижениями здесь были 1-е места в зоне, занятые в 1971, 77 и 78 года. В 1971 году завоеваны серебряные медали первенства РСФСР. Наибольших успехов команда добилась в этот период под руководством В.В. Кирша, И.В. Золотухина, В.X. Эштрекова. Владимир Хазраилович Эштреков работал в Нальчике 6 лет (1983—1988 гг.), что является рекордом для этой команды. В 1972—76, 79—80 гг. "Спартак" выступал в первой лиге СССР, но без особых успехов. Лучшим достижением здесь у него было 14-е место (1974, 1975 г.). Два последних первенства СССР спартаковцы провели в "Буферной лиге", где лучшим для них результатом было 8-е место (1990 г.).

Девятый год (включая 2000 год) команда Нальчика с переменным успехом выступает в российском первенстве. Лучшими достижениями за это время были: 1-е место во втором дивизионе 1995 года и 4-е место в первом дивизионе 1997 года. Команду в это время возглавляли: Казбек Тляругов (1992—93 гг.), Юрий Наурзоков (1994 г.), Борис Синицын (1995 г.), Виктор Кумыков (1996—98 гг.), Виктор Зернов (1999 г.), Асланбек Ханцев (1998—2000 гг. с перерывом), Сергей Пономарев (2000 г.). С сезона 2001 года команду возглавил Сафарби Ешугов. После неудачного сезона 2003 года, когда команда по итогам чемпионата заняла 15 место, пост главного тренера занял Юрий Красножан. Под его руководство в сезоне 2004 команда заняла 12 место.

Сезон 2005 для команды стал феерическим, команда заняла 2 место и получила право в повышении класса. С 2006 года команда удачно выступает в элитном дивизионе России.